圣诞之夜，卡森共和国水企业和哈里曼达拉公司签订协议的大厦门外，许多群众声讨抗议。而就在现在，担任护卫的警察机动部队突然掏枪对示威群众展开无差不屠杀。血腥恐惧的事件背后，奇妙病毒“火种”若隐若现。在与不明敌人对决过程中，草薙素子（坂本真绫 配音）和独立机动部队的同伴们救下了全身义体的女孩津田艾玛（茅野爱衣 配音），其身上大概隐藏着利用虚拟经历进行恐惧活动的事实。公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）拒绝将其交给陆军情报部穗积上校（庆长佑香 配音），而是命令草薙将艾玛护送至501机关同意调查。草薙在女孩身上不仅发觉两个灵魂的存在，更触摸到了被官方、军方能够隐藏的悲惨真相……